对于违反《公司上海注册公司管理条例》和《企业年度检验办法》规定，不按时参加年检、年检有弄虚作假行为或年检不合格的公司，年检主管机关依法分别给予处罚。
(1)公司无正当理由在3月15日前未报送年检材料的，由年检主管机关处以1000元以下罚款；在年检截止日之前仍未申报年检的，按照《公司上海注册公司管理条例》第76条规定，处以1万元以上10万元以下的罚款。年检主管机关对年检截止日前未申报年检的公司进行公告，自公告发布之日起30日内仍未申报年硷的，吊销营业执照。未参加年检的公司不得从事经营活动。
(2)公司在参加年检中隐瞒真实情况、弄虚作假，按照公司上海注册公司管理条例》第76条规定，处以1万元以上5万元以下的罚款。情节严重的，可以吊销营业执照。
(3)公司上海注册公司事项发生变化而未按规定办理变更上海注册公司的，年检主管机关责令公司于10日内补办变更上海注册公司，逾期不补办的，处以1万元以上10万元以下的罚款。
(4)公司在公司上海注册公司时虚报上海注册公司资本的，由年检主管机关责令于30日内补交出资，并处以虚报上海注册公司资本金额5%以上15%以下罚款；情节严重的，吊销营业执照。对于在公司上海注册公司时提交虚假证明文件或者采取其他欺诈手段骗取公司上海注册公司的，由公司上海注册公司机关责令改正，并处以5万元以上50万元以下的罚款。
(5)公司乏起人、股东未缴付货币、实物或者未转移财产权，虚假出资的，年检主管机关责令在30日内缴付出资，并处以虚假出资5%以上10%以下罚款。公司发起人、股东在公司成后抽逃出资的，由年检主管机关责令30日内返还抽逃的出资，并处以抽逃出资金额5%以上10%以下罚款。
(6)验资机构和审计机构在年检中为年检公司出具虚假验资报告或审计报告的，由年检主管机关没收其非法所得，并处以非法所得1倍以上5倍以下罚款，并向社会公布其名单。在3年内，年检主管机关对出具虚假验资报告或审计报告的验资机构或计机构的验资报告或审计报告不予认可。情节严重的，依法吊销其营业执照。验资机构或审计机构因过失提供有重大遗漏的报的，年检主管机关责令其改正，情节较严重的，处以所得收入倍以上3倍以下罚款。
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